W 1942 roku działania militarne skupiły się głównie na zwalczaniu okrętów podwodnych. Finlandia i Niemcy starały się za wszelką cenę powstrzymać radzieckie okręty podwodne przed uzyskaniem dostępu do morza Bałtyckiego. Wykorzystywane w tym celu pola minowe okazały się jednak środkiem niewystarczającym. Radzieckie okręty podwodne zatopiły osiemnaście statków, spośród których siedem należało do Finlandii. Finowie zatopili natomiast trzy, spośród dwunastu zatopionych ogółem radzieckich okrętów podwodnych. Kolejnym krokiem było całkowite zablokowanie zatoki fińskiej sieciami zwalczania okrętów podwodnych pomiędzy Naissaar i Porkkala. Sieci zostały zainstalowane natychmiast jak tylko stopniał lód. Zapora ta była skuteczna aż do jesieni 1944 roku, kiedy ze względu na przejęcie kontroli nad fińskimi szlakami przybrzeżnymi, ZSRR był w stanie ominąć przeszkodę.
Wiosną 1942 roku Finlandia zajęła wyspę Gogland. W lipcu 1942 Sowieci podjęli próbę zajęcia małej wysepki Sommers w zatoce Fińskiej. W 1943 roku Merivoimat otrzymał czternaście nowych okrętów torpedowych, zastępując nimi przedwojenne jednostki. W 1944 roku ZSRR rozpoczął wielką kampanię ofensywną przeciwko Finlandii, podczas której marynarka wojenna walczyła w kooperacji z siłami lądowymi w zatoce Wyborskiej.