Marynarka przez długi czas utrzymywała, że nie odebrała sygnału SOS, bowiem okręt miał zachowywać ciszę radiową; odtajnione dokumenty wykazały jednak, że odebrano trzykrotne wezwanie pomocy, ale wzięto je za japoński podstęp.
W listopadzie 1945 roku McVay został postawiony przed sądem wojskowym i oskarżony o „narażenie okrętu poprzez zaniedbanie zygzakowania” oraz o „zaniedbania przy akcji opuszczania okrętu”.
W przypadku drugiego z zarzutów McVay został uniewinniony na podstawie zeznań członków załogi, że okręt odniósł takie uszkodzenia przy storpedowaniu, że zatonął w ciągu 12 minut, a kapitan McVay nie mógł w tym czasie nadzorować akcji opuszczania okrętu, ponieważ system łączności wewnętrznej został zniszczony, przez co nie mógł rozkazywać.
Mochitsura Hashimoto, japoński dowódca okrętu podwodnego, który zatopił „Indianapolis”, zeznał, że widoczność w tym czasie była dobra (co potwierdza fakt, że był w stanie namierzyć i zatopić amerykański krążownik). Eksperci od broni podwodnej zeznali z kolei, że zygzakowanie miało niewielkie znaczenie dla uniknięcia ataku torpedowego – główną rolę odegrały tutaj zeznania komandora Glynna R.