W 1539 książę polecił stanom pruskim znalezienie funduszy na utrzymanie szkoły. Brano pod uwagę kilka lokalizacji: Nidzica, Zalewo, Welawa. Ostatecznie w 1542 założono w Królewcu (dokładnie w Knipawie) szkołę partykularną, która miała przygotowywać uczniów do studiów uniwersyteckich. W celu podniesienia rangi protestanckiej szkoły 20 lipca 1544 Albrecht uroczystym aktem ufundował w jej miejsce uniwersytet, rozsyłając zaraz po tym stosowną proklamację do kilku państw, w tym Polski, Danii, Szwecji i do krajów niemieckich. 17 sierpnia 1544 nastąpiło poświęcenie uczelni i objęcie rządów przez pierwszego rektora Albertyny, Georgiusa Sabinusa, który dwukrotnie piastował ten urząd. Dotychczasowa szkoła partykularna została przekształcona w pedagogium, a jej zamknięcie nastąpiło w 1617.
W proklamacji Albrecht zapowiedział, że uczelnia będzie nadawała stopnie naukowe, ale nie posiadała ona odpowiedniego przywileju ani od Stolicy Apostolskiej (papież nie widział interesu w popieraniu protestanckiego uniwersytetu), ani od cesarza Niemiec (Albrecht po sekularyzacji zakonu krzyżackiego został w Niemczech banitą).