W latach 90. powracającym motywem twórczości Knaflewskiego były formy korzenne, o symbolice związanej z siłami życiowymi, wzrostem, pędem ku górze. Artysta często nadawał im formę krzyża i traktował jako metaforę ciała ludzkiego. W pracy Para (1990) dwa długie, faliście wijące się korzenie, zwieńczone głowami w kształcie krzyża, spoczywają na białej pościeli rozrzuconej na pokrytej błotem posadzce.
W innych pracach Knaflewskiego z tego okresu (Akt, 1993, Siedząca, 1994) korzenne formy posłużyły do reinterpretacji klasycznych tematów sztuki. Artysta posługiwał się też maleńkimi korzonkami przypominającymi plemniki. Z setek takich korzonków umieszczonych na płatkach fizeliny powstały obrazy składające się na cykl Kalendarz.
Trumna elektryczna
Od 1999 roku Knaflewski zaczął wprowadzać do swoich prac dźwięk. Budował obiekty-instrumenty, takie jak np. Trumna elektryczna, na których grał i z których tworzył akustyczne instalacje przestrzenne. W początkowym okresie pracy towarzyszyły Partytury z nutami wykonanymi z form korzennych znanych z wcześniejszych prac. Pierwsze działanie z elektryczną trumną odbyło się w Galerii AT w Poznaniu. Początkowe akcje były bardziej oszczędne w środkach wyrazu, później zaczęły ewoluować, zyskując nowe, bogatsze formy dźwięku.