W grudniu 2007 został powołany na stanowisko prezesa Rządowego Centrum Legislacji, w styczniu 2008 objął równocześnie funkcję sekretarza Rady Ministrów. W 2013 został wiceprzewodniczącym Zespołu ds. Programowania Prac Rządu. W rezultacie ogłoszonego w sierpniu 2015 konkursu został zgłoszony przez rząd Ewy Kopacz jako przedstawiciel Polski w Europejskim Trybunale Obrachunkowym. W listopadzie nowy rząd unieważnił konkurs i na nowego polskiego przedstawiciela w tej instytucji rekomendowano Janusza Wojciechowskiego. W tym samym miesiącu Maciej Berek został odwołany z pełnionych funkcji w administracji rządowej.
W 2016 w Instytucie Nauk o Państwie i Prawie na Wydziale Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego obronił napisaną pod kierunkiem Marka Zubika pracę doktorską pt. Rada Ministrów jako organ inicjujący postępowanie ustawodawcze. W 2017 został również zatrudniony na stanowisku adiunkta w Katedrze Prawa Konstytucyjnego na Wydziale Prawa i Administracji Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie. Został następnie adiunktem w Katedrze Prawa Konstytucyjnego Wydziale Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego.