Według Suszy Smotrycki udał się do Wilna w 1601 roku, zaś wrócił do Rzeczypospolitej w 1610 roku; mogło to jednak nastąpić nawet dwa-trzy lata wcześniej. Raport nuncjusza papieskiego z 1628 roku informuje, iż Smotrycki był studentem Akademii Wileńskiej, jednak został z niej usunięty z powodu przywiązania do schizmy (tj. do prawosławia). Przyjmując, iż duchowny przyszedł na świat ok. 1577 roku, musiałby rozpocząć naukę w Wilnie wcześniej, ok. 1596 roku.
Wśród nauczycieli przyszłego hierarchy wymieniany jest Cyryl Lukaris, o którym pisał także sam Smotrycki. Nie jest jednak jasne, w której szkole mogłoby dojść do ich spotkania i jak długo trwała ich znajomość.
Smotrycki był jednym z najlepiej wykształconych duchownych swojej epoki, co przyznawali za jego życia zarówno jego zwolennicy, jak i adwersarze. Nie oznacza to jednak, że ukończył pełny kurs którychkolwiek rozpoczętych przez siebie studiów; część swojej wiedzy mógł uzyskać drogą samodzielnych lektur. Archiwa uczelni w Lipsku, na której uczył się razem z Bohdanem Sołomereckim, nie zawierają jego nazwiska na listach absolwentów, chociaż wzmiankują osobę Sołomereckiego.