Zygmunt III Waza, który zapoznał się z tym tekstem w kwietniu 1610 roku w obozie wojsk polskich pod Smoleńskiem, nakazał skonfiskować cały nakład traktatu, zabronić jego lektury i uwięzić autora i wydawcę. To samo polecał czynić z innymi publikacjami brackiej drukarni w Wilnie. Smotrycki nie trafił jednak do więzienia, spotkało to jedynie drukarza Leoncjusza Karpowicza. To, że autor Threnosu pozostał na wolności, Mironowicz przypisuje temu, iż trwała wojna polsko-turecka.
Odpowiedzią katolików na Threnos był tekst Piotra Skargi Na Threny i lament Theophila Orthologa do Rusi greckiego nabożeństwa przestroga, wydany również w 1610 roku w Krakowie. Jego treść wskazuje, jak wielkie wrażenie wywarł tekst na katolikach, którzy uznali go za niebezpieczny i szkodzący planom unijnym. Ze strony unickiej polemikę ze Smotryckim podjął Joachim Morochowski (w broszurze Papnyopia). Z kolei nuncjusz Francesco Simonetti, pisząc o traktacie do Rzymu, ocenił jego publikację jako poważny cios dla unijnej propagandy.