Trzecią historię, zatytułowaną The Last Agate, dołączono bezpośrednio do wydania.
Puella Magi Oriko Magica: Sadness Prayer Wydano także prequel do mangi Oriko Magica, zatytułowany . Dwa tomy wydano kolejno 12 lutego 2015 oraz 12 grudnia 2015 roku.
Puella Magi Suzune Magica Kolejnym spin-offem jest trzy-tomowa manga zatytułowana , ilustrowana przez GAN. Główną bohaterką jest morderczyni Suzune Amano, która staje twarzą w twarz z czarodziejkami, które chcą wiedzieć dlaczego to robi. Pierwsze cztery rozdziały zostały wydane bezpośrednio w formie tankōbonu 12 listopada 2013 roku, natomiast kolejne rozdziały pojawiały się w czasopiśmie Manga Time Kirara Forward. Dwa następne tomy wydano kolejno 25 czerwca 2014 oraz 12 grudnia 2014 roku.
Puella Magi Homura Tamura Powstała także czteropanelowa manga, będąca spin-offem serii, zatytułowana . Została napisana i zilustrowana przez Afro. Kolejne rozdziały pojawiały się w czasopiśmie Manga Time Kirara Magica. Rozdziały skompilowano następnie w dwóch tomach, wydanych kolejno 26 października 2013 oraz 27 maja 2015 roku.