Podczas kampanii wrześniowej, zakład został zbombardowany, a część budynków uległa zniszczeniu lub utraciła dachy na skutek pożaru. Od połowy 1940 roku na terenie zakładu zaczęła ukazywać się konspiracyjna gazeta, o czym powiadomił Gestapo jeden z konfidentów przekazując także listę robotników czytających ją. Robotnicy zostali aresztowani w październiku 1940 roku, podczas zorganizowanej akcji Gestapo, które wkroczyło na teren fabryki aresztując ponad 30 pracowników, w tym Karola Wójcika. Robotnicy zostali następnie deportowani do obozu koncentracyjnego KL Auschwitz. Z aresztowanych robotników wróciło pięciu.
W 1944 roku, na polecenie Władysława Dworakowskiego, na terenie fabryki powstał komitet samoobrony mający na celu ochronę zakładu przed grabieżą i zniszczeniem. W okresie powstania warszawskiego, komitet podczas ewakuacji fabryki przez Niemców, zdołał ukryć pasy transmisyjne, smary, cynk, ołów, silniki elektryczne oraz wagony z węglem, drutem i inne materiały produkcyjne. W czasie walk o wyzwalanie Pragi we wrześniu 1944 roku fabryka uległa spaleniu. Ocalał budynek magazynu wyrobów gotowych, który posłużył do odbudowy zakładu w okresie powojennym.