Życie osobiste Lee Joon urodził się i wychował w Seulu w Korei Południowej. Jego matka jest profesorem muzyki na uniwersytecie, więc od najmłodszych już lat miał kontakt z muzyką i śpiewem. Ma jedną starszą siostrę. Ukończył Seoul Arts High School na specjalizacji taniec. Studiował taniec nowoczesny na Korea National University of Arts, a obecnie uczęszcza na Kyung Hee Cyber University – na wydziale Technologii Informatycznych i Komunikacji. Początkowo chciał on zostać aktorem, jednak pozytywny wynik castingu zapewnił mu miejsce w męskiej grupie wokalno-tanecznejWywiad z Lee Joonem.
25 listopada 2009 roku macierzysta wytwórnia Lee Joona J. Tune Camp wydała oświadczenie, w którym potwierdziła, że u artysty zdiagnozowano wirusa H1N1. Niestety dla gwiazdora właśnie wówczas wszedł na ekrany kin film z jego udziałem Ninja AssassinMBLAQ’s Lee Joon diagnosed with swine flu. Rok później podczas wywiadu Lee Joon wyznał również, że cierpi na bezsenność i chorobę dwubiegunową, które to schorzenia są efektem przepracowania i stresu, a na które cierpiał już przed debiutem.