Bootstrap 3 19 sierpnia 2013 roku został wydany Bootstrap 3. Przeprojektowano komponenty, aby dostosować je do flat design i urządzeń mobilnych. Do Bootstrap 3 dodany został nowy system wtyczek oraz porzucono obsługę Internet Explorer 7 i Firefox 3.6, jednakże został dodany opcjonalny plik polyfill dla tych przeglądarek.
Bootstrap 4 Zespół Bootstrapa zawiesił prace nad wersją 3, aby mieć więcej czasu na rozwój Bootstrap 4. 23 kwietnia 2015 roku Mark Otto ogłosił, że Bootstrap 4 jest w fazie rozwoju. Pierwsza wersja alfa Bootstrap 4 została wdrożona już 19 sierpnia 2015 roku.
Bootstrap 5 5 maja 2021 roku został wydany Bootstrap 5. Główne zmiany w nowej wersji to: wprowadzenie nowego komponentu menu offcanvas, porzucenie zależności od jQuery na rzecz czystego JavaScript, zrezygnowanie ze wsparcia dla Internet Explorer, dodanie wbudowanego ciemnego motywu.
Pierwsze zastosowania Bootstrapa w wersji 5 pojawiły się zaledwie kilka dni po oficjalnej premierze. Framework ten jest wykorzystywany m.in. przez MDB 5 – Material Design UI Kit for Bootstrap 5.