W dniu 10 marca 1687 roku pożar zniszczył drewniany kościół klasztor franciszkański. Na ich miejscu w dniu 12 czerwca 1688 roku zaczęła się budowa fundamentów nowych obiektów. W dniu 2 sierpnia 1688 roku został położony kamień węgielny przez prowincjała Cypriana Żebrowskiego w towarzystwie licznej szlachty i mieszkańców Łabiszyna. Prace budowlane trwały przez 10 lat. Klasztor ufundowała Eleonora Gembicka, żona dziedzica Łabiszyna. W dniu 22 kwietnia 1698 roku nowy klasztor i kościół murowany zostały poświęcone przez definitora prowincji zreformowanej wielkopolskiej Benedykta Stawskiego. Ponownie klasztor został uroczyście poświęcony ku większej chwale Boga i św. Tomasza Apostoła - opiekuna tego kościoła, w dniu 7 lipca. Budowle zostały wybudowane w stylu barokowym przez architekta włoskiego Piotra Fontanę. Wybudowany przez Fontanę zespół klasztorny został całkowicie zniszczony przez pożar, który wybuchł w dniu 2 sierpnia 1720 roku. Odbudową zniszczonych budynków zajęła się Dorota z Grotów Gembicka. Budowa klasztoru, bez jednej części pierwotnego założenia, trwała przez cztery lata, a świątyni trwała do 1731 roku. W 1747 roku właściciel Jabłówka, Józef Skałkowski, ufundował kamienną posadzkę i sklepienie. Rok później właściciel Łabiszyna, Władysław Krzycki, ufundował zegar w fasadzie świątyni.