W okresie rządów wojskowych trwała walka z partyzantami kurdyjskimi. W 1966, po śmierci Abd as-Salama Arifa w wypadku, władzę objął jego brat, generał Abd ar-Rahman Arif, który, aby uspokoić partię Baas tekę premiera powierzył należącemu do niej gen. Tahirowi Jahji. W 1967 kraj przystąpił do wojny izraelsko-arabskiej.
Rządy Baas W okresie al-Bakra
Rządy Jahji i Arifa nie spełniły jednak oczekiwań partii Baas. Baasiści zorganizowali w 1968 kolejny zamach stanu, w następstwie którego przejęli pełnię władzy. Faktycznym liderem państwa irackiego stał się Ahmad Hasan al-Bakr, który został prezydentem, premierem, dowódcą armii oraz przewodniczącym nowo utworzonej Rady Dowództwa Rewolucji. W skład rządu al-Bakra oprócz przedstawicieli partii Baas weszło 9 niezależnych nacjonalistów oraz trzech ministrów kurdyjskich a elita państwa została zdominowana przez świeckich sunnitów. Nowy rząd natychmiast przystąpił do walki z opozycją – represje dotknęły głównie komunistów i inne grupy lewicowe niesprzymierzone z baasizmem w wydaniu al-Bakra. Prześladowania, przy entuzjazmie Irakijczyków, dotknęły też nieliczną społeczność żydowską po wykryciu przez rząd rzekomego syjonistycznego spisku.