Wspólnie wprowadzili w zakładzie zasadę non-restraint, polegającą na unikaniu środków przemocy, takich jak kaftany bezpieczeństwa, przymusowe karmienie. Zamiast tego wprowadzono nadzór nad pacjentami w dużych salach. Część pacjentów mogła swobodnie poruszać się po zakładzie; niektórych zabierano nawet na wycieczki.
W kwietniu 1894 roku ożenił się z Cäcilią Simonette Nathalie Geisenheimer, z domu Wallerstein (1860-1901), pochodzącą z Frankfurtu nad Menem wdową po bankierze Ludwigu Ottonie Geisenheimer. Mieli troje dzieci, w tym dwie córki: Annę Gertrudę i Marię oraz syna Eduarda Hansa.
W 1895 roku Nissl przeniósł się do kliniki psychiatrycznej w Heidelbergu, kierowanej przez Emila Kraepelina. W 1895 roku został też dyrektorem frankfurckiego zakładu dla chorych umysłowo, kontynuując swoje badania psychiatryczne nad m.in. depresją i psychozami. W 1902 Kraepelin zaoferował Alzheimerowi posadę w Heidelbergu na stanowisku swojego asystenta, gdzie ten mógł znowu pracować z Nisslem. W 1904 roku Kraepelin został powołany do Monachium, Alzheimer niedługo potem podążył za nim. Tu jeszcze tego samego roku ukończył rozprawę habilitacyjną na temat histologicznej diagnostyki różnicowej porażenia postępującego (Histologische Studien zur Differentialdiagnostik der progressiven Paralyse).