Inną charakterystyczną cechą grzybów z rodzaju Malassezia jest unikalna w królestwie grzybów budowa ściany komórkowej. Jest ona znacznie grubsza (ma około 0,12 μm) niż w przypadku innych drożdży i zawiera znacząco więcej substancji tłuszczowych. Składa się z dwóch warstw tworzących zewnętrzną powłokę o budowie lamelarnej, oraz właściwej ściany komórkowej. Błona cytoplazmatyczna tych grzybów tworzy charakterystyczną, pofałdowaną teksturę, wyraźnie widoczną pod mikroskopem elektronowym. Głównymi składnikami ściany komórkowej Malassezia są wielocukry (około 70% zawartości), tłuszcze (15–20%) i białka (10%). Duża zawartość substancji tłuszczowych prawdopodobnie powoduje dużą odporność tych grzybów na warunki zewnętrzne i jest istotnym czynnikiem ich wirulencji. Tłuszcze te ułatwiają adhezję grzyba do komórek gospodarza, utrudniają fagocytozę patogenu i hamuje odpowiedź zapalną.
Genomy grzybów Malassezia liczą zaledwie od 6,4 do 14 Mpz, co jest najmniejszą spotykaną liczbą u grzybów wolno żyjących.