Występują w wodach słodkich i słonawych, często w glebie i wśród torfowców. Ich skorupki często zachowują się w pokładach torfu, co pozwala na ich wykorzystanie w paleoekologii torfowisk. Nieco mniejsze znaczenie mają w paleoekologii jezior. Ameby skorupkowe podobnie jak większość glebowych Protista uzależnione są od wilgotności siedliska. W przypadku niekorzystnych warunków środowiskowych np. przesuszenia gleby, ameby wytwarzają cysty przetrwalnikowe lub pozostają w stanie uśpienia, przegradzając aperturę błonką – epifragmą. Takie przystosowanie jest bardzo ważne na wpływ różnorodnych czynników środowiskowych. Gdy powracają odpowiednie warunki (np. wzrasta wilgotność siedliska), bardzo szybko wychodzą ze stanu uśpienia. Przez otwór w skorupce wydostaje się cytoplazma w postaci pseudopodiów. W zależności od przynależności taksonomicznej mogą to być lobopodia (palczaste pseudopodia) lub filopodia (niciowate pseudopodia). Często bez obserwacji pseudopodiów niemożliwe jest oznaczenie gatunku ameby, dotyczy to szczególnie wyjątkowo skomplikowanych taksonów np. Cyclopyxis spp. i Phryganella spp. – pierwszy z nich posiada lobopodia, a drugi natomiast filopodia.