Centralne władze Związku Radzieckiego zdecydowały o siłowym stłumieniu protestu, przy użyciu wojska. Kierownictwo Komunistycznej Partii Gruzji wyraziło zgodę na takie rozwiązanie. Do Tbilisi skierowano wówczas 2 tys. żołnierzy, do miasta przybył także wiceminister obrony ZSRR. Przygotowania te sprawiły, że kierujący Komunistyczną Partią Gruzji Dżumber Patiaszwili wycofał wcześniejszą zgodę, nie miało to już jednak żadnego znaczenia. Do tłumienia manifestacji skierowano żołnierzy spoza Tbilisi, aby uniemożliwić jakąkolwiek próbę porozumienia między protestującymi a wojskiem.
Przebieg masakry 9 kwietnia 1989, po północy, wojska Zakaukaskiego Okręgu Wojskowego kierowane przez gen. Igora Rodionowa zaczęły koncentrować się na Placu Lenina w pobliżu centrum gruzińskiej manifestacji. Następnie żołnierze wprowadzili transportery opancerzone w boczne ulice dochodzące do Alei Rustawelego. Zgromadzeni nie rozeszli się jednak, chociaż wzywał ich do tego patriarcha Gruzji Eliasz II.