o nadaniu odznaczeń państwowych ().. Złotym Krzyżem Zasługi z Mieczami Krzyż Armii Krajowej Krzyż Partyzancki Krzyż Oświęcimski zespołowe Nagrody Państwowe II stopnia za prace: z dziedziny chromatografii (1964) z dziedziny światłowodów (1988)
Nagrody i inne wyróżnienia Profesor Andrzej Waksmundzki otrzymał tytuł Doctor honoris causa: UMCS w Lublinie (1985) Akademia Medyczna w Lublinie (1987) Politechnika Łódzka (1989)
Upamiętnienie i wspomnienia O trwałości pamięci o dokonaniach i osobie „Profesora Profesorów” – jak nazwano Profesora Waksmundzkiego w środowisku akademickim Lublina – świadczą m.in.: ufundowanie w 2001 roku przez Komisję Analizy Chromatograficznej i Komisję Analizy Powietrza i Gazów Komitetu Chemii Analitycznej PAN medalu i nagrody im. prof. dr hab. Andrzeja Waksmundzkiego, które są przyznawane corocznie za wybitne osiągnięcia naukowe, nadanie przez Senat UMCS (uchwała z 23 czerwca 1999) nowemu budynkowi „Duża Chemia” (przy pl. Marii Curie-Skłodowskiej: 3) nazwy Collegium Chemicum im. Profesora Andrzeja Waksmundzkiego nadanie w 2017 r. Szkole Podstawowej w Ostrowsku na Podhalu imienia prof. Andrzeja Waksmundzkiego. zorganizowanie sesji naukowej, poświęconej pamięci prof.