G.I. Joe spodziewając się ataku ze strony Kobry ukrywają przekaźnik, jednak Baronowej udaje się go zlokalizować. Dochodzi do ataku, w wyniku którego wpada on w ręce wroga, a Duke zostaje ciężko ranny i zapada w śpiączkę.
Niedługo po tym, oddziały G.I. Joe namierzają przekaźnik w Himalajach i przypuszczają szturm. Wpadają jednak w pułapkę, z której ratują ich rekruci z porucznikiem Sokołem na czele. Dochodzi do ostatecznego starcia i unieszkodliwienia kokonów za pomocą przekaźnika, który po przeciążeniu wybucha i niszczy Kobrę–La.
Nowi bohaterowie Rekruci Pod nadzorem instruktora Beach Herda, odbywa się szkolenie sześciu rekrutów do grupy G.I. Joe:
porucznik Sokół – zielony beret i przyrodni brat Duke’a. Jinx – mistrzyni wschodnich sztuk walki, która najlepiej walczy z zawiązanymi oczami; ma opinię osoby przynoszącej pecha. Law & Order – oficer żandarmerii wojskowej, któremu pomaga wyszkolony w tropieniu materiałów wybuchowych pies. Tunnel Rat – specjalista od infiltracji. Chuckles – na przekór swojemu imieniu jest on małomównym specem od broni ciężkiej. Fajtłapa – były koszykarz, które mówi w żargonie komentatora sportowego. Jego postać prawdopodobnie została stworzona wyłącznie na potrzeby filmu, gdyż nie pojawiła się wśród figurek G.I.