mały|Emblemat Dywizjonu 301 W kwietniu 1941 roku uzyskał przeniesienie do szkoły pilotów, po ukończeniu której został przydzielony do dywizjonu 301 jako pilot bombowca. Pierwszy lot bojowy wykonał w nocy 26/27 października 1941 r. 1 marca 1942 roku został awansowany na stopień podporucznika.
W maju 1942 r. Kazimierz Szrajer został przeniesiony do polskiej sekcji 138 dywizjonu RAF. Dywizjon ten zajmował się zaopatrywaniem ruchu oporu w krajach okupowanych przez III Rzeszę. W lutym następnego roku Szrajer rozpoczął roczną przerwę w lataniu (wykorzystał ją na uzupełnienie wykształcenia), a po przerwie powrócił do latania w 1586 Eskadrze Specjalnego Przeznaczenia, w którą przekształcono Dywizjon 301. W eskadrze specjalnej do 5 sierpnia 1944 r. wykonał 45 lotów ze zrzutami dla ruchu oporu. 16 z tych lotów prowadziło do Polski.
mały|Pomnik upamiętniający operację Most III W nocy 25/26 lipca 1944 roku Kazimierz Szrajer wziął udział jako II pilot Dakoty w operacji Most III, dostarczając do Polski kurierów i zabierając do Włoch części pocisku V2 zdobytego uprzednio przez AK.
Do sierpnia 1944 Kazimierz Szrajer wykonał 100 lotów bojowych. Następnie latał w 46 dywizjonie RAF, transportując samoloty na Daleki Wschód.