Rodzina Był synem Krzysztofa Lubienieckiego Młodszego (1598–1648) i Katarzyny z Filipowskich (zm. po 1663). Jego dziad, Krzysztof Lubieniecki (1561–1624) był w latach 1598–1612 pastorem zboru braci polskich w Lublinie, po 1616 roku osiadł w Rakowie, gdzie zmarł w lutym 1624. Również ojciec Stanisława był pastorem braci polskich, w latach 1619–1626 w Rakowie, i od 1626 roku do śmierci w Lublinie. Stanisław miał dwóch braci i dwie siostry.
W 1652 roku poślubił Zofię Brzeską (pochowana 2 czerwca 1695 w Amsterdamie) z którą miał pięcioro dzieci:
Katarzynę Gryzellę – obie córki obie zatrute razem z ojcem i zmarły w 1675 roku Teodora Lubienieckiego, malarza Pawła Jana (zm. po 1675), wojskowego w Danii i Szwecji Krzysztofa Lubienieckiego, malarza
Życiorys Studiował na Akademii Rakowskiej, a po jej likwidacji w 1638 naukę kontynuował w Kisielinie na Wołyniu. W 1644 wyjechał do Torunia, gdzie pobierał nauki prywatne. Korzystając ze stypendium zborowego, kontynuował naukę we Francji oraz Niderlandach w latach 1646–1650.