kontuzja wykluczyła go z gry na cały sezon. Po kontuzji, podpisał kontrakt z Yomiuri Giants. W tym sezonie, otrzymał nagrodę dla najlepszego powracającego zawodnika ligi. W Yomiuri Giants grał do sezonu 2006, po czym powrócił (jako wolny agent) do swojego macierzystego klubu, który w tym czasie zmienił nazwę na Fukuoka SoftBank Hawks.
3 maja 2010 roku zaliczył 1000. runa w profesjonalnej karierze. W tym samym sezonie, zwyciężył wraz z drużyną w Pacific League, a także zdobył Złotą Rękawicę. W sezonie 2011, zwyciężył po raz kolejny w Pacific League, uczestniczył także w Japan Series; Kokubo został wybrany MVP tej imprezy i został tym samym najstarszym zawodnikiem w historii, który zdobył to wyróżnienie. Ponadto zdobył także trzecią w karierze Złotą Rękawicę, po raz 11. uczestniczył w meczu gwiazd i po raz trzeci wybrano go do najlepszej dziewiątki sezonu.
24 czerwca 2012 roku zaliczył 2000. uderzenie. Ostatni mecz w profesjonalnej karierze rozegrał 8 października 2012 roku. Podczas jej trwania, osiągnął także 13 grand slamów.
Żonaty z Ami, ma dwoje dzieci.