Mimo że jej siedziba, miasto Kostrzyń, została w czerwcu 1946 przeniesiona do powiatu gorzowskiego w województwie poznańskimOlsztyński Dziennik Wojewódzki z 1946 r. Nr 8 (11), poz. 125, gmina Kostrzyń pozostała w powiecie chojeńskim, w woj. szczecińskim. 14 lutego 1946 składała się z dwóch gromad, Warniki i Dąbroszyn i liczyła zaledwie 85 mieszkańcówGUS (1947). Powszechny Sumaryczny Spis Ludności z dn. 14 II 1946 r., Warszawa: GUS.
W wykazach opartych na stanie administracyjnym po 1946 roku jednostka już nie występuje; początkowo (1947-1948) jej obszar należał do nowo utworzonej gminy Kamień MałyPowiat gorzowski (1947): mapa administracyjna i komunikacyjna w skali 1:100.000 Polska. Główny Urząd Pomiarów Kraju. Zakład Foto-Kartograficzny (Warszawa). Filia (Poznań). Drukarz ; Województwo Poznańskie (Polska ; 1945-1950). Urząd Wojewódzki. Wydział Pomiarów. Wydawca ;