Aby osłodzić gorycz tej porażki, oraz ze względu na nadal wysoką pozycję Messerschmidta w świecie artystycznym, książę Wenzel Anton von Kaunitz przyznał mu roczną wypłatę wysokości 200 guldenów austro-węgierskich.
W maju 1775 roku Messerschmidt na zawsze opuścił Wiedeń i przeniósł się do Wiesensteigu. W tym czasie pojawiła się propozycja objęcia przez niego stanowiska rzeźbiarza na dworze w Monachium. Ostatecznie jednak nie udało się w tej kwestii dojść do porozumienia i w 1777 roku Messerschmidt przeniósł się na stałe do Bratysławy, gdzie przez 3 lata mieszkał w domu swojego brata, także rzeźbiarza, Johanna Adama.
W 1780 roku kupił dom w zachodniej części Bratysławy i od tego czasu wiódł żywot samotnika, nie ustając w pracy nad „głowami”, które stały się jego artystyczną obsesją. Mimo zamknięcia się na świat jego pozycja w świecie artystycznym nadal była wysoka, o czym może świadczyć kilkukrotne składanie mu wizyt przez takie znakomitości jak niemiecki pisarz Friedrich Nicolai, który opublikował zapiski z ich rozmów, oraz szwajcarski marszand Christian von Mechel. W lecie 1783 roku artysta ciężko zachorował, najprawdopodobniej na zapalenie płuc, co doprowadziło do jego śmierci. Pochowano go na nieistniejącym już cmentarzu św. Mikołaja w Bratysławie. 27 sierpnia 1783 roku w dzienniku „Wiener Zeitung” ukazał się jego nekrolog.