Lee, Alexandrowi zlecono zakładanie wysuniętych punktów zaopatrzenia dla wojska podczas ofensywy w trakcie bitew siedmiodniowych. Kontynuował też zbieranie informacji wywiadowczych, zajmując 27 czerwca ochotniczo miejsce w gondoli balonu i wracając na ziemię z wartościowymi informacjami odnośnie do pozycji przeciwnika pod Gaines’ MillAlexander, Fighting for the Confederacy, s.115–117..
Alexander zajmował się zaopatrzeniem w czasie II bitwy nad Bull Run i nad Antietam). Omal nie został wzięty do niewoli przez kawalerię unionistów dowodzoną przez płk. Benjamina „Grimes” Davisa, która wyrwała się spod Harpers Ferry i w odwrocie zagarnęła ponad czterdzieści z osiemdziesięciu wozów z amunicją dla LongstreetaAlexander, Fighting for the Confederacy, s.144..
Porter Alexander jest jednak lepiej znany jako artylerzysta, który odegrał znaczącą rolę w wielu bitwach tej wojny. Jako taki służył od 7 listopada 1862 roku w I Korpusie Longstreeta w Armii Północnej Wirginii. 5 grudnia został awansowany na stopień pułkownika. Jego kluczowym działaniem było rozstawienie baterii artylerii na Wzgórzu Marye w grudniu 1862 roku pod Fredericksburgiem, co zadecydowało o zwycięstwie konfederatów.