W finale skoku, który miał miejsce 18 kwietnia, Pasieka wygrała swój pierwszy tytuł Mistrzyni Europy z notą 15,250, pokonując tym samym dwukrotną złotą medalistkę na tym przyrządzie, Giulię Steingruber.
Na Mistrzostwach świata w Glasgow Pasieka wykonała czyste układy w ćwiczeniach wolnych, skoku i na poręczach, jednak wielokrotne błędy innych rosyjskich zawodniczek w finale drużynowym sprawiło, że mimo drugiego miejsca w kwalifikacjach, Rosja spadła na czwartą lokatę. Mimo że po raz kolejny nie mogła wystąpić w finale drużynowym (Wiktorija Komowa i Daria Spiridonowa zyskały kwalifikację z wyższymi wynikami), Marija wystąpiła w finale skoku, gdzie zdobyła swój pierwszy złoty medal Mistrzostw świata z wynikiem 15,666, pokonując mistrzynię olimpijską z 2008 roku Hong Un-jong i mistrzynię świata w wieloboju Simone Biles, które znalazły się na drugiej i trzeciej pozycji.
2016 Pasieka nie zdobyła żadnego medalu indywidualnego na Mistrzostwach Rosji, natomiast kontuzja nie zezwoliła jej na udział w Mistrzostwach Europy w Bernie.
Igrzyska Olimpijskie 2016 thumb|Pasieka razem z kadrą Rosji po wygraniu srebrnego medalu w finale drużynowym na Igrzyskach Olimpijskich w Rio Reprezentowała Rosję na Letnich Igrzyskach Olimpijskich w Rio de Janeiro, wraz z Aliją Mustafiną, Angieliną Mielnikową, Darią Spiridonową i Sjedą Tutchaljan.