Był także komisarzem ludowym spraw wewnętrznych i zastępcą przewodniczącego Rady Komisarzy Ludowej Azerbejdżańskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej. W latach 1929–1930 był przewodniczącym GPU w Azerbejdżańskiej SRR. W kierowanych przez niego strukturach rozpoczynał karierę Ławrientij Beria, który z czasem z protegowanego Bağırova zmienił się w jego głównego protektora.
W latach 1932–1933 był przewodniczącym Rady Komisarzy Ludowej Azerbejdżańskiej SRR. W 1932 ukończył wyższe kursy marksizmu-leninizmu. W 1933 objął stanowisko pierwszego sekretarza Komitetu Centralnego Komunistycznej Partii Azerbejdżanu, które łączył z obowiązkami pierwszego sekretarza partyjnego obwodu bakijskiego miejskiego. W ciągu kolejnych dwudziestu lat, dzięki poparciu Berii, posiadał praktycznie nieograniczoną władzę w radzieckim Azerbejdżanie. Wysoko cenił go także Józef Stalin, który twierdził, że jedynie Bağırov byłby w stanie stłumić ewentualny bunt w Azerbejdżanie. Stojąc na czele azerskiej organizacji partyjnej Bağırov wprowadził w republice masowy terror. Represjom poddał zwolenników polityki zmarłego w 1925 Nərimana Nərimanova, jego samego zaś określił jako "burżuazyjnego nacjonalistę", po czym całkowicie wykreślił jego postać z oficjalnych opracowań dziejów Azerbejdżanu.