W 1956 kariera polityczna Beyena dobiegała końca. Od 1958 do 1963 pełnił funkcję holenderskiego ambasadora w Paryżu. Natomiast przez następne 5 lat był Prezesem Rady Komisarzy Rotterdamsche Bank oraz AMRO Bank.
Pierwszą żoną Beyena, z którą miał trójkę dzieci, była Petronella J.G. (Nelly) Hijmans van Anrooij. Następnie był związany z Margarethą Antonią (Gretel) Lubinka, którą także poślubił.
Przyjaciele nazywali go Wim. Beyen zmarł w 1976. W 2005 Wim Weenik, redaktor naczelny gazety NRC Handelsblad, opublikował analizę biograficzną dotyczącą Johana Beyena. Jej tytuł brzmiał: Bouwer van Europa. Johan Willem Beyen 1897-1976 (Banker of the world. Builder of Europe. Johan Willem Beyen 1897-1976).
Plan Beyena Johan Beyen jest obecnie nazywany jednym z ojców założycieli Unii Europejskiej. Beyen widział możliwość większej integracji niż tylko w obrębie Europejskiej Wspólnoty Węgla i Stali. Dlatego też w 1955 na posiedzeniu Specjalnej Rady Ministrów EWWiS Holandia zgłosiła jego Plan. Sama idea Planu odnosiła się do pogłębionej integracji gospodarczej. Zgodnie z jego twierdzeniami, bez integracji gospodarczej nie byłaby możliwa integracja polityczna czy też obronna. W czerwcu 1955 w Messynie memorandum krajów Beneluksu, które opierało się na Planie Beyena, zostało przedłożone konferencji ministrów spraw zagranicznych Wspólnoty.