Kariera trenerska Po zakończeniu kariery piłkarskiej Fuentes został trenerem. Pierwszą pracę w tym zawodzie podjął w 2006 roku w swoim macierzystym Club Atlas, znajdując zatrudnienie jako asystent szkoleniowca Rubéna Omara Romano, z którym kilkakrotnie współpracował już podczas swojej gry w piłkę. Po upływie niecałego półtora roku odszedł do trzecioligowego Club Celaya, gdzie przez pierwsze sześć miesięcy również pozostawał asystentem, zaś w styczniu 2009 został pierwszym trenerem zespołu. Po sezonie 2010/2011 awansował z Celayą do drugiej ligi meksykańskiej, gdzie prowadził drużynę jeszcze przez półtora roku, nie odnosząc większych osiągnięć. Na początku 2013 roku podpisał umowę z innym drugoligowcem, Tiburones Rojos de Veracruz, w którym występował również jako piłkarz. Tam spędził sześć miesięcy, a jego podopieczni zajęli czwarte miejsce w lidze i zakwalifikowali się do fazy play-off, z której odpadli już po ćwierćfinale.
W połowie 2013 roku ekipa Veracruz przeniosła się do miasta San Luis Potosí, tworząc nowy klub o nazwie Atlético San Luis.