W kwietniu 2014 na łamach tygodnika „L’Espresso” dziennikarz Lirio Abbate ujawnił, że badaczka znalazła się wśród osób objętych śledztwem w sprawie rzekomej sprzedaży wirusa firmom farmaceutycznych, które miały go wykorzystać do wywołania epidemii celem zwiększenia sprzedaży szczepionek. Ilaria Capua została następnie zaatakowana w parlamencie przez jedną z posłanek Ruchu Pięciu Gwiazd, której wystąpienie w Internecie spopularyzowali Beppe Grillo oraz Giulia Grillo. Po stronie badaczki stał natomiast dziennik „Corriere della Sera”, przedstawiający jej przypadek jako świadectwo panującej we Włoszech „nienawiści do nauki”. W lipcu 2016 sąd oczyścił Ilarię Capuę z zarzutów (oddalając je w postępowaniu wstępnym, wskazując co do zasady na brak podstaw oskarżenia oraz sugerując podejrzenie sfabrykowania części materiałów). Ilaria Capua zrezygnowała jednak z mandatu deputowanej we wrześniu 2016. Karierę naukową kontynuowała na Uniwersytecie Florydy (objęła funkcję dyrektora centrum One Health Center of Excellence for Research and Training na tej uczelni).