północno-zachodni narożnik prostokąta został ścięty, aby nie kolidować z forteczną drogą krytą, przebiegającą nad cmentarzem – wzdłuż fosy. Na wschód od cmentarza został przewidziany teren pod cmentarz garnizonowy. Cmentarz w krótkim czasie zaczął pełnić swoje funkcje. Co do początkowego okresu działalności cmentarza brak jakichkolwiek źródeł.
Rok 1846 3 marca 1846 roku na terenie cmentarza zebrali się konspiratorzy, czekając na dowóz broni, by zaatakować Cytadelę. Zebrało się około 200 ludzi pod dowództwem Aleksandra Neymana. Liczono na element zaskoczenia, oraz na otwarcie bramy przez ppor. Wilhelma Mackiewicza. Niestety o godz.21.15 Prusacy ogłosili w mieście alarm. Większość powstańców została wyłapana i aresztowana.
II połowa XIX w W tym czasie ze względu na przepisy forteczne nie wolno było stawiać kamiennych nagrobków. Również ze względu na niewielką powierzchnię groby były wcześnie skopywane pod następne pochówki. Pierwsze grobowce pojawiły się dopiero w latach 1889-1889, kiedy przepisy forteczne zostały złagodzone.
W 1888 roku parafia św. Wojciecha zakupiła od osób prywatnych grunt pod nowy cmentarz. Znajdował się on kilkaset metrów na zachód od dotychczasowego cmentarza, po drugiej stronie obecnej ulicy Winogrady.