Na Uniwersytecie Warszawskim otrzymał w 1988 stopień naukowy doktora habilitowanego. W tym samym roku został zatrudniony jako adiunkt w Instytucie Fizyki, a następnie kolejno jako: profesor nadzwyczajny i dyrektor Instytutu Astronomii Wyższej Szkoły Pedagogicznej im. Tadeusza Kotarbińskiego w Zielonej Górze (od 2001 Uniwersytet Zielonogórski). Z jego inicjatywy 1 lipca 1989 utworzono Zielonogórskie Centrum Astronomii, które było prekursorem późniejszego Instytutu Astronomii UZ. Instytut pod kierownictwem Janusza Gila stał się liczącym, a także znanym w kraju oraz na świecie ośrodkiem astronomii. Był pomysłodawcą budowy w Zielonej Górze planetarium, które powstało w 2015 w ramach Centrum Nauki Keplera. W latach 1991–1993 przebywał na stypendium Humboldta w Instytucie Radioastronomii Maxa Plancka w Bonn. Zajmował się badaniem pulsarów oraz gwiazd neutronowych, a w szczególności ich promieniowaniem radiowym i rentgenowskim. Wśród wypromowanych przez niego doktorów znalazł się Jarosław Kijak.