Od 1994 współdziałał z żoną Ireną (redaktorką graficzną) i synem Pawłem (zajmującym się opracowaniem komputerowym) w Oficynie Wydawniczej „STON 2”, mającej w swym dorobku (m.in. w seriach: „Biblioteka Nauczycielskiego Ruchu Literackiego”, „Biblioteka Satyry”, „Twórczość Młodych”, z kolegium pod przewodnictwem Piotra Kuncewicza, obecnie „Portrety Literackie”) blisko 500 tytułów głównie z zakresu literatury współczesnej, eseistyki, historii. Jego starszy syn Radosław – z pierwszego małżeństwa z poetką Reną Marciniak – kieruje w Warszawie Wydawnictwem i Centrum „Kormoran”.

Poza wspomnianymi oficynami ważną pozycją w dorobku edytorskim Stanisława Nyczaja jest 2-tomowe opracowanie z obszernym komentarzem Utworów poetyckich w ramach Pism Stanisława Piętaka (Ludowa Spółdzielnia Wydawnicza 1986). Od marca 1997 do kwietnia 2003 redagował 8-stronicową część literacką miesięcznika „IKAR”.