Dowódcą organizacji został Hamada Ould Mohamed Kheirou, który przemawiał w języku hausa i języku angielskim.
W 2012 Rada Bezpieczeństwa ONZ nałożyła na MUJAO sankcje, oskarżając ją o sojusz z AQIM.
Ruch na rzecz Jedności i Dżihadu w Afryce Zachodniej w marcu 2012 przyłączył się do tuareskiego Narodowego Ruchu Wyzwolenia Azawadu (MNLA) i islamistycznych ugrupowań (Al-Ka’ida Islamskiego Maghrebu i Ansar ad-Din), które walczyły w Mali z siłami rządowymi podczas powstania Tuaregów. Jednak islamiści, w przeciwieństwie do MNLA nie walczyli o niepodległość Azawadu, gdyż ich celem było ustanowienie prawa szariatu w Mali. Podczas powstania, po raz pierwszy bojownicy MUJAO pojawili się na terytorium Mali w trakcie bitwy o Gao 31 marca 2012, które wpadło w ich ręce. MUJAO z pozostałymi ugrupowaniami fundamentalistów islamskich zakwestionowało deklarację niepodległości Azawadu przez MNLA, co miało miejsce się 6 kwietnia 2012.
9 kwietnia 2012 Ruch na rzecz Jedności i Dżihadu w Afryce Zachodniej porwał w Gao siedmiu algierskich dyplomatów. Sześciu z dyplomatów zostało uwolnionych, jednak jeden z nich – wicekonsul Tahar Touati – został zabity 1 września 2012.