Podczas przebudowy w końcu XV lub na początku XVI wieku rozebrano i wymurowano ponownie w cegle górną część wieży i dodano do niej ceglaną skarpę od zachodu. W późniejszym okresie rotunda przestała pełnić funkcje kultowe i została włączona w zabudowania klasztoru norbertanek jako furta klasztorna. Sakralny charakter budowli został przywrócony w XVIII wieku. Podczas konsekracji w 1779 zmieniono wezwanie świątyni św. Krzyża na św. Prokopa.
W 1812 kościół został sprofanowany przez żołnierzy napoleońskich, był prawdopodobnie używany w celach gospodarczych. Dokonano wtedy kolejnych przeróbek, m.in. rozebrano apsydy od północy i dodano do wieży czworoboczną kondygnację.
W 1892 dokonano pierwszej konserwacji kościoła, w tym czasie odtworzono apsydy od północy i część okien romańskich. Kolejną konserwację kościoła przeprowadzono w latach 1924–1925, próbując dostosować wnętrze do potrzeb kultu.
Podczas II wojny światowej rotunda została zamieniona na magazyn. W 1945 Niemcy podłożyli ładunki wybuchowe w rotundzie. Wybuch i pożar zniszczyły górne partie wieży i całe wyposażenie wnętrza, natomiast ściany przetrwały.