Trzykrotnie ubiegał się o urząd prezydenta kraju. W pierwszej turze wyborów 1988, która odbyła się 31 stycznia, poparło go 535 482 (17,6%) wyborców, co zapewniło mu udział w drugiej turze 8 maja. W bezpośrednim starciu z Rodrigo Borja Cevallosem przegrał wybory, otrzymując 1 448 498 (46%) głosów. Następnie wystartował w wyborach w maju 1992 roku, jednak zdobył 750 611 (22%), co uplasowało go na trzecim miejscu i nie dostał się do drugiej tury. Ponownie wziął udział w wyborach w 1996. W pierwszej turze otrzymał 1 001 071 (26,3%), co spowodowało przejście do drugiej tury 7 lipca wraz z Jaime Nebotem, którą wygrał z wynikiem 2 285 397 (54,5%) głosów i został prezydentem elektem.
Prezydent Ekwadoru 10 sierpnia 1996 objął stanowisko prezydenta Ekwadoru po ustępującym Sixto Durán Ballénie. Wiceprezydentem w jego gabinecie została Rosalía Arteaga.