W 1940 roku został awansowany do stopnia generała majora (Major General).
7 lutego 1941 roku został mianowany dowódcą Army's Hawaiian Department, odpowiedzialnym za lądową i współodpowiedzialnym za powietrzną obronę terytorium Hawajów, w tymczasowej randze generała porucznika (Lieutenant General). Wraz z admirałem Husbandem E. Kimmelem został zupełnie zaskoczony przez japoński atak 7 grudnia 1941 roku. Oskarżany o zaniedbania i niekompetencję, które doprowadziły do klęski, kilkanaście dni później został odwołany ze stanowiska, a w marcu 1942 roku emerytowany w stopniu generała majora. Pracował w Ford Motor Company w Dallas, podejmując próby oczyszczenia swojego nazwiska. Zmarł w 1949 roku i został pochowany z honorami wojskowymi na Narodowym Cmentarzu w Arlington.
Wielu współczesnych historyków znacznie łagodniej ocenia działania generała Shorta i admirała Kimmela. W 1999 roku obaj zostali oczyszczeni rezolucją Senatu. W 2005 roku ukazała się, nakładem Naval Institute Press, jego biografia Day of Lightning, Years of Scorn: Walter C. Short and the Attack on Pearl Harbor, pióra Charlesa R. Andersona.
Bibliografia Walter Campbell Short [w:] Arlington National Cemetery Website. Staff Ride Handbook for the Attack on Pearl Harbor, 7 December 1941: A Study of Defending America.