Nagrody, fellows i upamiętnienia CSI przyznaje kilka nagród związanych z promocją sceptycyzmu naukowego i krytycznego myślenia. Najwyższym wyróżnieniem organizacji jest In Praise of Reason Award, przyznawana za wybitny wkład w stosowanie krytycznego namysłu, dowodów naukowych i rozumu przy ocenie roszczeń poznawczych. Wśród jej laureatów byli między innymi Martin Gardner, Carl Sagan, Richard Dawkins, Ray Hyman i Bill Nye. Drugim ważnym wyróżnieniem jest coroczna Robert P. Balles Prize in Critical Thinking, nagroda dla autora publikacji najlepiej realizującej ideały zdrowego sceptycyzmu, analizy logicznej i nauki empirycznej.
Oprócz systemu nagród CSI wybiera także fellows, czyli związanych z organizacją ekspertów, badaczy i popularyzatorów nauki, którzy wspierają ją autorytetem oraz zapleczem eksperckim. Kryteria obejmują wybitny wkład w dyscyplinę naukową, komunikację nauki albo sam ruch sceptyczny. Wśród fellows CSI znajdowali się między innymi Richard Dawkins, Daniel Dennett, Susan Blackmore, Ann Druyan, Neil deGrasse Tyson, Bill Nye i James Randi.