We wczesnym okresie działalności ujawnił się spór o styl działania organizacji. Truzzi, który do sierpnia 1977 redagował pismo komitetu, chciał uczynić z niego periodyk akademicki, zwłaszcza socjologiczny. Pozostali chcieli, by zajmowało się także popularnymi twierdzeniami i docierało do czytelników spoza środowiska akademickiego. Truzzi chciał też przyjmować do organizacji zwolenników zjawisk paranormalnych, czemu inni stanowczo się sprzeciwiali. Truzzi krytykował CSICOP za zbyt demaskatorskie nastawienie i uważał, że komitet powinien wyraźniej unikać odrzucania twierdzeń przed ich pełną oceną; po odejściu z organizacji założył własne pismo The Zetetic Scholar. Pismo organizacji, początkowo wydawane jako The Zetetic, od 1978 ukazywało się już pod tytułem Skeptical Inquirer, a jego wieloletnim redaktorem został .
W latach 1987–1989 dyrektorem wykonawczym CSICOP był Mark Plummer, a jego następcą został Barry Karr. W 1992 organizacja przeniosła się do stałej siedziby w podmiejskim Amherst, naprzeciw kampusu State University of New York at Buffalo.