Bracia Skarżyńscy z ks. Szwernickim zostali przewiezieni kibitkami przez Moskwę do Syberii Zachodniej. Dionizy Skarżyński został skierowany do miejscowości Jekatierińskoje (rejon tarski), gdzie pracował w gorzelni (w sierpniu 1853 został osiedlony w gminie łoginowskiej). Od roku 1855 mieszkał w Tobolsku. Pracował m.in. w jednym z przedsiębiorstw Alfonsa Koziełł-Poklewskiego. Zgodę na powrót do kraju otrzymał w roku 1858.
Początkowo przebywał w Kownie (Aleksota), gdzie założył i prowadził Dom Zleceń Rolników Nadniemeńskich, a następnie przeniósł się do Warszawy. Działał w Towarzystwie Rolniczym i Towarzystwie Kredytowym Ziemskim oraz należał do stronnictwa „białych”.
Powstanie styczniowe W lipcu 1863 roku Dionizemu Skarżyńskiemu powierzono stanowisko dyrektora Wydziału Skarbu w Rządzie Narodowym Karola Majewskiego. Główną kasę, za którą był odpowiedzialny, ukrywał u swojej krewnej. Stanowiska zrzekł się we wrześniu, po uformowania rządu „wrześniowego” (z przewagą stronnictwa „czerwonych”. Nie wszedł w skład kolejnego rządu powstańczego – rządu Romualda Traugutta.