Cerkiew w Czarnej Cerkiewnej została w 1853 odremontowana i wzmocniona, zaś w 1869 odnowiono jej dach, pokrywając go nowym gontem. Sześć lat później do obiektu wstawiono nowy ikonostas, natomiast w 1884 otoczono teren cerkiewny murowanym ogrodzeniem. W końcu XIX stulecia cerkiew dysponowała 57-tomowym księgozbiorem.
Cerkiew murowana Budynek cerkwi z 1733, mimo dokonywanych napraw, w końcu XIX w. był w złym stanie technicznym, toteż zdecydowano o jego rozbiórce. Na miejscu starszej świątyni wzniesiono cerkiew murowaną. Projekt obiektu, inspirowany modelem z wzornika Konstantina Thona, został zatwierdzony w 1890, jednak do prac budowlanych przystąpiono dopiero dziesięć lat później. Konsekracja obiektu miała miejsce 10 grudnia 1901.
Parafia w Czarnej Cerkiewnej znalazła się w 1900Гродненская и Волковысская епархия w dekanacie drohiczyńskim nowo utworzonej eparchii grodzieńskiej i wołkowyskiej. W tym momencie szacowano liczbę wiernych na 1150 osób. Do I wojny światowej liczba ta spadła, gdyż ubodzy parafianie emigrowali do innych regionów Rosji lub poza jej granice.
W 1915 prawosławna ludność Czarnej Cerkiewnej w większości wyjechała na bieżeństwo. Ci, którzy zdecydowali się na powrót do poprzedniego miejsca zamieszkania, napływali do wsi w latach 1918–1920.