El Greco przedstawił śmierć Laokoona i jego synów w dramatyczny, wręcz apokaliptyczny sposób. Ich upiornie blade ciała kontrastują z malowniczym krajobrazem. Kapłan leży pośrodku, walczy z wężem, który próbuje ukąsić starca. Podobizna Laokoona jest tą samą, jaką ma św. Piotr w jego wcześniejszej pracy pt. Łzy św. Piotra. Z prawej strony leży martwy już jeden z synów, z lewej strony drugi walczy jeszcze z kolejnym wężem. Po prawej stronie widać trzy nieukończone postacie. El Greco nie ukończył dzieła, a dwie inne wersje tego tematu odnotowano w inwentarzu sporządzonym w 1614 roku. Postaciami tymi prawdopodobnie mieli być bogowie przyglądający się śmierci kapłana. Postać na pierwszym planie trzyma w dłoni jabłko, co sugeruje, iż miały to być postacie Heleny i ParysaWaldemar Łysiak w Malarstwie białego człowieka wymienia jeszcze kilka innych przypuszczeń badaczy: postaciami mogły być Kasandra i Artemida lub Antiope.. W 1969 roku historyk A.W. Palm wysunął przypuszczenie, iż jest to para Adam i Ewa. W latach 1955–1956, po pracach konserwatorskich, odkryto trzecią głowę, zamalowaną przez samego artystę, która mogła być inną wersją głowy postaci na pierwszym planie.