Mniej więcej w latach 1488–1513 zbudowano obecne prezbiterium i transept. W roku 1572 do Rotterdamu zawitała reformacja, w wyniku której kościół św. Wawrzyńca przeszedł w ręce protestantów. Większość rzeźb i ołtarzy została usunięta, a wnętrze kościoła dostosowano do wymogów nowej zreformowanej liturgii.
XVII–XVIII w. thumb|left|Kościół św. Wawrzyńca ok. 1760 według rysunku Leenderta Brassera W latach 1619–1621 nadbudowano wieżę wieńcząc ją drewnianym hełmem według projektu amsterdamskiego architekta Hendricka de Keysera. Jednak z powodu gnicia drewna w niektórych elementach konstrukcyjnych już w 1642 postanowiono hełm rozebrać.
W latach 1645–1646 wieża otrzymała nowy hełm zaprojektowany przez Dirca Davidsza. W celu wzmocnienia wieży jej nadbudowę wykonano z kamienia. W 1650, w wyniku ciężkiej burzy wieża została uszkodzona. W latach 1651–1655 przebudowano ją wzmacniając fundamenty i stosując nowe techniki palowania. W 1661 w wieży zamontowano 36-dzwonowy carillon odlany w ludwisarni F. Hemony.
W 1795, po proklamowaniu Republiki Batawskiej, tymczasowa rada miasta Rotterdam nakazała usunięcie wszelkich przejawów „różnic”: wszystkich herbów, chorągwi żałobnych i herbów z płyt nagrobnych. Działania te wpłynęły zasadniczo na wygląd wnętrza kościoła.