Rozwiązanie architektoniczne W domus ecclesiae główna przestrzeń służyła dla sprawowania liturgii Eucharystii oraz chrztu. Opierając się na założeniach zawartych w Didascalia et Constitutiones apostolorum przyjmuje się, że domus ecclesiae był ukierunkowany na wschód. Na centralnym miejscu znajdowało się miejsce dla biskupa. Badacze wskazują na prawdopodobnie celowe pozostawienie części centralnej bez zadaszenia – być może w celu dostępu światła (które symbolizowało Chrystusa) i powietrza. W ścianach obwodowych nie było żadnych otworów poza jednymi drzwiami wejściowymi. Zamknięty charakter budowli wynikał z faktu, że w wieku III, a więc przed edyktem mediolańskim, chrześcijaństwo było religią zakazaną.
Naukowcy przypuszczają, że wspólnota wiernych zbierała się wokół basenu, który był używany do chrztu. W tablinum zasiadał biskup, który sprawował Eucharystię przy ustawionym stole. Taki układ stanowił później podstawę dla liturgicznej aranżacji późniejszych bazylik chrześcijańskich.
Domus ecclesiae mógł pomieścić około 50–60 wiernych.