W czasie prób silników głównych nie udało się uniknąć pewnych błędów organizacyjnych. Niedofinansowanie niezwykle nowatorskiego przedsięwzięcia, jakie stanowił program rozwoju i prób w połączeniu z naciskiem na realizowanie harmonogramu prac wymusiły na NASA prowadzenie polityki sukcesu. Oszczędności spowodowały, że nie zamawiano zapasowych elementów, a ostateczny montaż silnika odbywał się często już na stanowisku prób. Rozruch przeprowadzano zakładając, że wszystko będzie od razu działać prawidłowo. Kilkakrotnie wadliwie działające elementy wywoływały pożary uszkadzające wysokociśnieniowe pompy, całe silniki czy nawet stanowiska prób. Z reguły okazywało się, że awarii mogłoby nie być, gdyby odpowiedzialne za nią elementy były drobiazgowo sprawdzane. Do najpoważniejszego wypadku doszło 27 grudnia 1978 r., kiedy wybuch silnika zniszczył stanowisko prób.
Do badań pojedynczych silników wykorzystano dwa egzemplarze SSME w konfiguracji do lotu kosmicznego. Użyto ich do sprawdzenia okresu pracy silnika wynoszącego 20 tys. s (5,5 h) w zakresie między 65 a 100% ciągu nominalnego. Z kolei próby kompletnego zespołu napędowego wykonano wykorzystując zestaw MPTA (ang.