Łącznie w pacyfikacji mogło uczestniczyć nawet do 800 policjantów i esesmanów.
W nocy z 27 na 28 lutego 1944 Wanaty zostały szczelnie otoczone przez niemiecką ekspedycję karną. Osoby próbujące wymknąć się z obławy były zabijane na miejscu. Następnie około godziny 7:00 rano Niemcy wkroczyli do wsi. Pierwsza grupa szła od domu do domu, mordując wszystkich mieszkańców bez względu na wiek i płeć (najczęściej strzałem w tył głowy). W ślad za komandem egzekucyjnym podążał drugi oddział, który rabował inwentarz żywy i wszystkie cenniejsze przedmioty znalezione w gospodarstwach. Na samym końcu szła czteroosobowa grupa podpalaczy, podkładająca ogień pod zabudowania. Ciężko rannych Polaków pozostawiano w budynkach, aby tam spłonęli żywcem. Około godziny 10:00 na miejscu masakry pojawił się starosta Freudenthal. Dla postrachu polecił sprowadzić do Wanat wszystkich sołtysów z gminy Łaskarzew, aby mogli oni na własne oczy zobaczyć skutki pacyfikacji.