Kiedy dowiedział się o formowaniu armii polskiej w ZSRR, złożył prośbę o przeniesienie do Wojska Polskiego. Służąc w szeregach ludowego Wojska Polskiego przeszedł szlak bojowy jako oficer 4 Dywizji Piechoty. Brał udział w walkach nad Wisłą, walkach o przełamanie Wału Pomorskiego oraz bitwach: o Kołobrzeg, nad Odrą, nad Nysą i o Berlin. Kończąc szlak bojowy nad Łabą. W czasie bitwy pod Jaksicami w randze majora dowodził 2 batalionem z 10 pułku piechoty. Awans na majora otrzymał 15 września 1944, mając 23 lata. W czasie bitwy o Kołobrzeg został lekko ranny.

Po wojnie, razem z całą dywizją, został wcielony do Korpusu Bezpieczeństwa Wewnętrznego i skierowany do walk z Ukraińską Powstańczą Armią na Rzeszowszczyźnie, gdzie 2 listopada 1945 został dowódcą rzeszowskiego pułku KBW. Brał udział w akcjach zbrojnych przeciw podziemiu niepodległościowemu, m.in. Samodzielnemu Batalionowi Operacyjnemu NSZ „Zuch”. Na początku 1946 został ujęty przez oddział WiN Tadeusza Zielińskiego „Igły” i zwolniony po ostrzeżeniu i żądaniu, by zaprzestał działalności przeciwpartyzanckiej.

Alfred Wnukowski był mężem Ireny z domu Taperek (1920–1946).