W 1958 Centralny Szpital MON stał się placówką naukowo-badawczą w ramach powstałej Wojskowej Akademii Medycznej w Łodzi i nadano mu nazwę 2 Centralnego Szpitala Klinicznego WAM.
Kierownictwo MON podjęło decyzję o budowie nowego gmachu dla szpitala MON. Ostatecznie wybrano lokalizację na warszawskim Grochowie. Budowę nowego obiektu zakończono w październiku 1964 przy ul. Szaserów 128, zachowując zespół szpitalny przy ul. Koszykowej. 12 października 1964 nastąpiło oficjalne otwarcie 2 Centralnego Szpitala Klinicznego WAM. Szpital powstał z połączenia 1 Wojskowego Szpitala Okręgowego zlokalizowanego przy ul. Nowowiejskiej i 2 Centralnego Szpitala Klinicznego WAM przy ul. Koszykowej. W 1967 na bazie 2 CSK WAM utworzono Instytut Kształcenia Podyplomowego z 2 2 Centralnym Szpitalem Klinicznym WAM. Komendantem został płk prof. Dymitr Aleksandrow, a komendantem 2 CSK WAM płk lek. Zbigniew Kowalczewski.
1 stycznia 1999 w związku z reformą służby zdrowia, Szpital uzyskał osobowość prawną i stał się samodzielną jednostką budżetową. Jego organem założycielskim został MON.