W okresie 1946–48 zastępca naczelnego prokuratora wojskowego ds. szczególnych (w stopniu podpułkownika LWP). Odpowiedzialny nie tylko za wydziały specjalne prokuratur, ale również odgrywające podobną rolę sekcje tajne, powołane przy sądach powszechnych. Oskarżający niekiedy także w sądach tajnych Henryk Podlaski jawnie dyktował sędziom swoją wolę przy wydawaniu wyroków, stawiał żądania wobec ‘nieposłusznych’, usuwał ich ze stanowisk, urządzał jawne zebrania prokuratorów i sędziów z udziałem ministra sprawiedliwości, na których szkalował często ‘winnego’ łagodnego wyroku. Domagał się usunięcia go z sędziowskiego grona. To on w porozumieniu z Leonem Chajnem rządził sądownictwem, zwłaszcza niższych szczebli. Obsadzali wspólnie zaufanych ludzi na kluczowych stanowiskach. Obniżali godność sądownictwa, wprowadzili w Sądzie Najwyższym specjalny wydział polityczny, gdzie przechowywano akta spraw politycznych [...]W. Barcikowski, W kręgu prawa i polityki. Wspomnienia z lat 1919–1956, oprac. i wstęp W. Barcikowski, Katowice 1988.Z.A. Ziemba, Prawo karne Polski Ludowej w latach 1944–1956, [w:] Stalinizm, red. J. Kurczewski, Warszawa 1989.. W lutym 1948 r. ppłk Henryk Podlaski podpisał akt oskarżenia i doprowadził do wyroku śmierci na rotmistrza Witolda Pileckiego. W październiku 1948 r. przeniesiony do rezerwy.