Wiosną 1947 r. ujawnił się w czasie tzw. amnestii dla podziemia niepodległościowego, został urlopowany z oddziału i zamieszkał u rodziców w Warszawie. Jesienią 1947 r. zdecydował się na próbę ucieczki na Zachód wraz z grupą żołnierzy mjr. Hieronima Dekutowskiego „Zapory” zagrożonych aresztowaniem. Jednak w wyniku zdrady i prowokacji zorganizowanej przez UB z Katowic wszyscy oni zostali podstępnie aresztowani w punkcie kontaktowym w Nysie. Jerzy Miatkowski został tam zatrzymany 15 lub 16 września 1947 roku. Następnie trafił do centralnego więzienia MBP w Warszawie na Mokotowie.
Wyrokiem Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie z 15 listopada 1948 r. został przez sędziów: majora Józefa Badeckiego, kapitana Józefa Kanteckiego i kaprala Ryszarda Wasilewskiego skazany na karę śmierci. Wyrok podtrzymał Najwyższy Sąd Wojskowy w składzie pułkownik Józef Dziowe, podpułkownik Alfred Janowski i pułkownik Józef Warecki, a Bolesław Bierut decyzją 28 lutego 1949 nie skorzystał z prawa łaski.